【学会発表】
●1999年 「スズシロソウの新種内分類群」日本植物分類学会口頭発表（東京），「絶滅危惧植物の生育環境に関する検討」日本生態学会口頭発表（松本），国際ワークショップ 世界のヨシ原 その現状と未来「絶滅危惧植物から見た琵琶湖湖岸環境の多様性とその特質」（草津）
●1997年 「琵琶湖の湖岸環境と「原野の植物」の現状」植物分類地理学会ミニシポジウム（神戸），「琵琶湖岸における「原野の植物」の季節消長」日本生態学会口頭発表（北海道），「西スマトラ州におけるブナ科植物の垂直分布」日本熱帯生態学会ポスター発表（彦根）
●1996年 「琵琶湖の水草相と1994年の渇水」日本植物分類学会ポスター発表（三田），「西スマトラ州パダン周辺の低地熱帯林のブナ科植物相について」日本熱帯生態学会ポスター発表（筑波）
●1995年 「琵琶湖岸の植物地理：原野の植物」日本植物分類学会口頭発表（鹿児島）
●1994年 「コナラの堅果生産と年変動」日本生態学会口頭発表（福岡）
●1993年 「コナラ属植物の種生態学的研究II実生期の生長特性」日本生態学会口頭発表（島根），「Germination and seedling growth of three Japanese Quercus species」ＩＢＣポスター発表（横浜）
●1992年 「花博の植物」植物分類地理学会口頭発表（京都），「コナラ属植物の種生態学的研究Ｉ発芽期の特性」日本生態学会口頭発表（名古屋）
●1991年 「コナラの種生態学的研究Ｉ種子生産と昆虫による種子被食」日本植物学会口頭発表（東京）
●1990年 「Seed size variation and insect seed predation in Quercus serrata」INTECOLポスター発表（横浜）
【文筆活動】
1997，1995，1993，1991以前
藤井伸二. 2000. 私のフィールドノートから31タマミズキの豊凶（後）−被食による豊凶の誇張？−. Nature Study 46(10):11.
藤井伸二. 2000. 私のフィールドノートから30タマミズキの豊凶（前）−結実個体数−. Nature Study 46(9):9.
大阪市立自然史博物館編. 2000. 干潟の自然.（分担執筆）
冨永明良・藤井伸二. 2000. 近畿地方におけるミツバコンロンソウの分布．植物分類地理51:121-122.
藤井伸二・栗林実. 2000. 琵琶湖におけるヤナギトラノオの分布. 水草研究会会報. 70:17-19.
Fujii, S. 2000. A specimen list of Arabis flagellosa Miq. var.flagellosa used for morphological analyses in Fujii (1999). Bull. Osaka Mus. Nat. Hist.54:49-53.
藤井伸二. 2000. 大阪市立自然史博物館収蔵種子植物標本目録１. 自然史研究 2 (16):245-256.
藤井伸二. 2000. ヒキノカサの個体群規模と生態に関するノート. 水草研究会会報 69:16-21.
植物分科会ワーキングチーム（梅原徹・角野康郎・瀬戸剛・副島顕子．平野弘二・藤井伸二・藤井俊夫・村田源・山住一郎）. 2000. （９）植物編（大阪府編，大阪府における保護上重要な野生生物−大阪府レッドデータブック−）. p290-429. 大阪府．
藤井伸二. 2000. どんぐりをめぐる生物間相互作用の研究. エコフロンティア４:44-47.
藤井伸二. 2000. スマトラ紀行（その４）. 近畿植物同好会々誌 23:8-14.
藤井伸二. 1999. 絶滅危惧植物から見た琵琶湖湖岸環境の多様性とその特質. 関西自然保護機構会報 21(2):141-149.
藤井伸二. 1999.西の湖のスゲ. 関西自然保護機構会報21(2):93-94.
藤井伸二・永益英敏・栗林実. 1999. 近畿地方新産のヤナギトラノオとその分布. 植物分類地理 50(1):142-145.
藤井伸二. 1999. 今川のオニバスは何個体？−学芸員体験コース・オニバス班の記録２−. Nature Study 45(8):7-8.
藤井伸二. 1999. 大和川でヒキノカサを再発見！. Nature Study 45(7):8.
藤井伸二. 1999. 絶滅危惧植物の生育環境に関する考察. 保全生態学研究. 4(1):57-69.
藤井伸二. 1999. 琵琶湖岸でハッチョウトンボを記録. Nature Study 45(4):9.
Fujii, S. 1999. Arabis flagellosa var. kawachiensis (Cruciferae), a new variety from Kinki district, Central Japan. Bull. Osaka Mus. Nat. Hist.53:43-52.
藤井伸二. 1999. レッドデータブック作成と利用の課題. 自然史研究 2 (15):214-216.
藤井伸二・瀬戸剛. 1999. 身近な植物の危機，近畿地方の現状. 自然史研究 2 (15):217-218.
藤井伸二・藤井俊夫. 1999. 近畿地方の植物分布図文献一覧（予報）. 自然史研究 2 (15):237-244.
藤井伸二. 1999. 私のフィールドノートから29埋立地に出現した干潟もどきの水たまり. Nature Study（大阪市立自然史博物館友の会）45(2):9.
藤井伸二. 1999. 私のフィールドノートから28オオイヌタデの浮き袋. Nature Study（大阪市立自然史博物館友の会）45(1):6.
藤井伸二. 1998. 滋賀県で生育が再確認されたヌマゼリの生態. 植物分類地理 49(2):201-204.
藤井伸二. 1998. 琵琶湖の乙女ヶ池内湖にボタンウキクサ. 水草研究会会報65:21.
藤井伸二. 1998. オニバスの葉に人は乗れるのか？−学芸員体験コース・オニバス班の記録−. Nature Study（大阪市立自然史博物館友の会）44(11):2-4.
大阪市立自然史博物館編. 1998. 都市の自然.（分担執筆）
藤井伸二・栗林実. 1998. 私のフィールドノートから27オオマルバノホロシの散布方法について. Nature Study 44(8):8-9.
藤井伸二. 1998. スマトラ紀行（その３）. Nature Study 44(6):3-6.
藤井伸二. 1998. スマトラ紀行（その２）. Nature Study 44(3):3-7.
藤井伸二. 1998. 私のフィールドノートから26別荘分譲地のミゾコウジュその２. Nature Study 44(1):7.
藤井伸二・栗林実. 1997. 私のフィールドノートから25楠葉のホソバイヌタデの生育状況について. Nature Study 43(12):5.
藤井伸二. 1997. 私のフィールドノートから24セイヨウミツバチがカラスノエンドウの花外蜜腺から吸蜜. Nature Study 43(12):4.
藤井伸二・木下覚. 1997. イセウキヤガラ（カヤツリグサ科）の越冬を確認. 植物分類，地理. 48(1):79-80.
藤井伸二. 1997. 私のフィールドノートから23公団住宅の建て替えにともなって移入されたクチナガコオロギ. Nature Study 43(11):8.
藤井伸二. 1997. 城北の「わんど」でみつかったオオマルバノホロシ. Nature Study 43(10):6.
藤井伸二. 1997. 私のフィールドノートから22長居公園でハイイロチョッキリが増加！. Nature Study 43(10):12.
藤井伸二. 1997. 西スマトラにブナ科植物をもとめて. 日本熱帯生態学会ニューズレター. 27:10-14.
藤井伸二・森小夜子. 1997. ヨシ葺きの屋根その２. Nature Study 43(6):10.
藤井伸二. 1997. 堺市金岡町「寺池」のオオミクリ. Nature Study 43(6):2.
藤井伸二. 1997. 私のフィールドノートから21 1996年に長居公園で聞いた鳴く虫３種スズムシ・クマスズムシ・タンボコオロギ. Nature Study 43(4):10.
藤井伸二. 1997. 私のフィールドノートから20牛久沼のマコモ刈り. Nature Study 43(3):10.
藤井伸二. 1997. NATURE EYE”原野の植物「ノウルシ」”. 大阪人. 51(2):74.
宮脇成生・藤井伸二. 1997. 雌花ばかりのブタクサその３ オオブタクサの例から. Nature Study 43(2):6.
Fujii, S. 1996. Floristic Study of Fagaceae in Lowland at West Sumatra. Annual Report of FBRT Project. 2:143-157.
藤井伸二. 1996. 私のフィールドノートから19 1995年の春は京都大原でタムシバがよく咲いた？. Nature Study 42(12):8.
藤井伸二. 1996. スマトラ紀行. Nature Study 42(11):3-6.
山本博子・藤井伸二. 1996. ボタンウキクサの種子越冬と発芽の記録. 水草研究会会報. 59:17-18.
藤井伸二. 1996. 大阪府にイセウキヤガラが生育していた！. 水草研究会会報. 58:28-29.
藤井伸二. 1996. マルバノサワトウガラシ滋賀県朽木村で見つかる. 水草研究会会報. 58:27-28.
藤井伸二. 1996. 私のフィールドノートから18琵琶湖で観察された水鳥による沈水植物の食害例. Nature Study 42(10):9.
藤井伸二. 1996. 新・大阪不思議発見「ため池の絶滅危機の植物 オオミクリ」. 教育大阪. 平成8年9月号:24-25.
藤井伸二. 1996. 雌花ばかりのブタクサ その２. Nature Study 42(8):8.
藤井伸二. 1996. 京の野菜随想−鹿ヶ谷かぼちゃ. Nature Study 42(8):8.
藤井俊夫・藤井伸二. 1996. オニグルミの発芽から開花結実までの成長期間に関する観察例. Nature Study 42(8):7-8.
藤井伸二. 1996. 私のフィールドノートから17水田跡のオオニガナ. Nature Study 42(7):11-12.
西田富士夫・藤井伸二. 1996. 枚方市尊延寺における大阪府稀産植物の記録. Nature Study 42(7):7.
藤井伸二. 1996. 私のフィールドノートから16ヨシ葺きの屋根. Nature Study 42(7):7-8.
藤井伸二. 1996. 私のフィールドノートから15安曇川葛川地区のカワラハハコ. Nature Study 42(6):10.
藤井伸二. 1996. 私のフィールドノートから14芦生演習林枕谷の低木樹種の豊凶. Nature Study 42(6):9-10.
藤井伸二. 1996. コナラ−動物たちに狙われるどんぐり. （井上健編 植物の生き残り作戦）平凡社．
藤井伸二. 1996. 新・大阪不思議発見「ヨシと原野の植物」. 教育大阪. 平成8年3月号:24-25.
藤井伸二. 1995. 徳島県吉野川におけるイセウキヤガラの記録と生態ノート. 水草研究会会報. 57:12-14.
藤井伸二. 1995. 滋賀県におけるヤガミスゲの記録. 植物分類，地理. 46(2):211.
藤井伸二. 1995. どんぐりの発芽. 啓林中理編7:表紙.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから13雌花ばかりのブタクサ. Nature Study 41(12):10.
藤井伸二. 1995. 琵琶湖の水草と1994年の渇水. 私たちの自然409:8-11.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから12ヨシ原とヨシ刈. Nature Study 41(11):10-11.
Fujii, S. 1995. Progress Report of a Research on Floristic and Ecological Studies of the Fagaceae in West Sumatra. Annual Report of FBRT Project. 1:197-211.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから11別荘分譲地のミゾコウジュとノウルシ. Nature Study 41(11):10.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから10タイヤが運んだシロイヌナズナ. Nature Study 41(10):11.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから９琵琶湖で漂着発芽した植物の記録. Nature Study 41(7):8-9.
藤井伸二. 1995. ミニガイドNo.12 水辺とその植物たち−水辺ウォッチングへの招待−. 大阪市立自然史博物館.
藤井伸二. 1995. 1993・1994年に採集された琵琶湖産水草標本目録と分類・生態ノート. 自然史研究. 2(11):153-166.
藤井伸二. 1995. ジュニア会員のページ「昨年の琵琶湖の渇水と水草」. Nature Study 41(6):1-2.
藤井伸二. 1995. 標本ラベル記載事項の表記方法. JSPT Newsletter（植物分類学会ニュース）79:7-11.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから８芦生で見たシダクロスズメバチの巣の破壊と復元. Nature Study 41(4):8.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから７長居公園でタンボコオロギの鳴き声. Nature Study 41(3):5-6.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから６植木鉢の雑草たち. Nature Study 41(3):4.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから５蛭ケ野高原でみたミヤマウメモドキ. Nature Study 41(3):3-4.
藤井伸二. 1995. 私のフィールドノートから４カヤ場. Nature Study 41(1):6.
レッドデータブック近畿研究会. 1995. 近畿地方の保護上重要な植物−レッドデータブック近畿−. 関西自然保護機構.
藤井伸二. 1994. スマトラ調査雑記. 植物分類，地理. 45(2):177-179.
藤井伸二. 1994. 琵琶湖岸の植物−海浜植物と原野の植物. 植物分類，地理. 45(1):45-66.
藤井伸二. 1994. 琵琶湖湖岸の「原野の植物」とその現状（２）. Nature Study 40(11):5-10.
藤井伸二. 1994. 琵琶湖湖岸の「原野の植物」とその現状（１）. Nature Study 40(9):3-8.
藤井伸二. 1994. 琵琶湖湖岸の滅びゆく水草たち. Nature Study 40(8):12.
藤井伸二. 1994. ジュニア会員のページ「滅びゆく水草−ミズアオイ−」. Nature Study 40(8):1-2.
大阪市立自然史博物館編. 1994. 琵琶湖−おいたちと生物−.（分担執筆）
藤井伸二. 1994. ニガキ科. 週間朝日百科植物の世界 32:231-235.
藤井伸二. 1994. 琵琶湖湖岸の海浜植物とその現状. Nature Study 40(6):3-7.
藤井伸二. 1994. 私のフィールドノートから３. Nature Study 40(3):4.
藤井伸二. 1993. ジュニア会員のページ「タコノアシ」. Nature Study 39(12):1-2.
岡本素治・藤井伸二. 1993. 花の万博出展植物標本作成事業標本目録. 大阪市立自然史博物館.
Fujii, S. 1993. Studies on acorn production and seed predation in Quercus serrata -Growth, falling phenology, estimation of production, and insect seed predators-. Bull. Osaka Mus. Nat. Hist.47:1-17.
藤井伸二. 1993. タンポポの繁殖力の秘密. 理数中理編（啓林館）438.
藤井伸二. 1993. ジュニア会員のページ「カタクリの生活」. Nature Study 39(4):1-2.
藤井伸二. 1992. 私のフィールドノートから２. Nature Study 38(12):11.
岡本素治・藤井伸二. 1992. よみがえる花の万博. 大阪市立自然史博物館.
藤井伸二. 1992. 花博採集記その６ ショウガ科の植物. Nature Study 38(9):3-8.
藤井伸二. 1992. ジュニア会員のページ「山火事に耐える植物」. Nature Study 38(9):1-2.
北隆館編. 1992. 日本列島花ｍａｐｓ近畿の花. 北隆館.（分担執筆）
大阪市立自然史博物館編. 1992. 小学校における自然史博物館利用の手引.（分担執筆）
藤井伸二. 1991. 第18回特別展によせて. Nature Study 37(9):6.
大阪市立自然史博物館編. 1991. 淀川の自然.（分担執筆）
藤井伸二. 1991. 私のフィールドノートから１. Nature Study 37(7):5.
藤井伸二. 1991. 花の万博採集記その５ バンクシア−ヤマモガシ科の植物−. Nature Study 37(6):5-10.
大阪市立自然史博物館編. 1991. 中学校における自然史博物館利用の手引.（分担執筆）
岡本素治・布谷知夫・藤井伸二. 1991. ミニガイド No. 7 長居公園の樹木１．−ブナ科−. 大阪市立自然史博物館.
藤井伸二. 1991. 花の万博採集記その４ バショウの仲間たち. Nature Study 37(4):5-10.
藤井伸二. 1991. ジュニア会員のページ「どんぐりの芽生え」. Nature Study 37(1):2.
藤井伸二. 1990. 花の万博採集記その３ 銀剣草. Nature Study 36(12):5-9.
藤井伸二. 1990. 花博採集記その２. Nature Study 36(10):3-5.
藤井伸二. 1990. 花の万博採集記その１. Nature Study 36(8):9-11.
大阪府土木事務所. 1989. 天野山の自然とその保全（一般国道（新）170号環境保全対策検討調査報告書）. 大阪府（分担執筆）.
藤井伸二. 1989. どんぐりに寄生する虫. 植物の自然誌プランタ 6:24-28.