論文紹介やメモ書き
主に論文の紹介ですが、私が作った資料やメモ書きをいくつか公開しています。
出版物に引用される場合は必ず元の論文を確認してください。
フィールドで見たものなどはこちらで紹介しています。
論文紹介
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私が大学院生時代に所属していた研究室の論文セミナーで使った資料たちを中心に公開しています。公開にあたりセミナーで使用した資料を改変していますので、見にくい部分もあります。ご了承ください。
Hopkins & Rausher (2012) Pollinator-mediated selection on flower color allele drives reinforcement. Science 335:1090-1092. DOI: 10.1126/science.1215198
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Phlox drummondii という植物を用いてReinforcement の効果を検証しています。対象種が近縁種と同所的に生育する地域で、送粉者を介した雑種形成を避けるような生殖前隔離が強い選択圧になって、花の色を決める遺伝子のアリル頻度が大きく変化する話です。
Guichoux et al. (2011) Current trends in microsatellite genotyping. Molecular Ecology Resources 11:591-611. DOI: 10.1111/j.1755-0998.2011.03014.x
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マイクロサテライトマーカーを用いた遺伝子型解析の最新の動向をレビューした論文です。マーカー開発時のスクリーニングステップの重要性を説いている点などとても共感が持てる素晴らしいレビューだと思います。
Travers et al. (2010) Variation in gene expression of Andropogon gerardii response to altered environmental conditions associated with climate change. Journal of Ecology 98:374-383. DOI: 10.1111/j.1365-2745.2009.01618.x
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ゲノム情報が充実しているトウモロコシ Zea mays のマイクロアレイを用いて、Andropogon gerardii の水ストレスによる遺伝子の発現パターンの変化を解析した論文です。Zea とAndropogon ぐらいであればマイクロアレイを転用できる点は参考になりそうです。
Ouborg et al. (2010) Conservation genetics in transition to conservation genomics. Trends in Genetics 26:177-187. DOI: 10.1016/j.tig.2010.01.001
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ゲノム情報が非モデル生物にも使えるようになってきたことで、保全遺伝学の一部は保全ゲノミクスへとシフトしつつあります。2010年までの段階でどういう保全ゲノミクスな研究がなされてきたかをレビューした論文です。著者らはいきなり絶滅危惧種やハビタットの分断化研究にゲノム情報を使うのではなく、まずはモデル生物の近縁種を使った研究を薦めています。
Vences et al. (2010) Madagascar as a model region of species diversification. Trends in Ecology and Evolution 24:456-465. DOI: 10.1016/j.tree.2009.03.011
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多様な生物相で知られるマダガスカルをモデルとして、種の多様化プロセスについてレビューした論文です。こういう話にはあまり強くなかったのですが、いろんな事例研究が紹介されていてとても勉強になりました。
Frankham (2008) Genetic adaptation to captivity in species conservation programs. Molecular Ecology 17:325--333. DOI: 10.1111/j.1365-294X.2007.03399.x
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生物多様性の保全は原則、生息・生育地の保全ですが、どうしてもそれが難しい場合は生息・生育域外保全が必要になるケースがあります。絶滅危惧種の域外保全を行う際に、域外環境へ適応してしまうのではないか？という問題提起をしているレビューです。域外環境への適応は野生復帰の成功率に大きく影響します。域外保全の難しさを考えせられる論文です。
Nicholson et al. (2009) Assessing the threat status of ecological communities. Conservation Biology 23:259-274. DOI: 10.1111/j.1523-1739.2008.01158.x
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群集レベル・生態系レベルで絶滅危機具合をどのように評価すべきか？という問題をレビューした論文です。ほかの資料と違って論文紹介というよりもメモ書きに近いです。
研究関係のメモ書き
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研究に関するメモ書きです。自分用忘備録のうちマシなものを公開しています。あくまでメモですので、わかりにくい部分はご了承ください。間違い等があればご指摘いただけるとありがたいです。
遺伝的分化の指数であるJost's D に関する一連の論争のメモ メモはこちら
Jost (2008) で考案された遺伝的分化の指数Jost's D について勉強したことのメモ書きです。古くから伝わるGst などのヘテロ接合度をベースにした遺伝的分化の指数は適切ではなく、特にマイクロサテライトなどのヘテロ接合度の期待値が高いマーカーでは使えないよという主張です。それに対するコメント論文のメモ書きも一緒に載せました。
Phylocomの使い方メモ メモはこちら
Phylomaticで植物群集データの系統樹構築した後に、Phylocomで群集の系統多様性などいろいろ解析できます。その最初のステップのメモ書きです。R packageのPicanteはPhylocomと同様＋αの解析ができるのでそちらも便利です。
Community Weighted Meanのメモ メモはこちら
群集の機能群解析を行う際の一つの指標としてDiaz et al. 2007が提唱したCommunity Weighted Meanを計算するためのメモです。
Windowsで仮想マシンを利用する場合のメモ メモはこちら
VMware Player を使ってCentOSを動かそうとすると、パソコンは64 bitなのに「64 bitとちゃうで」と怒られた場合のBIOS設定に関するメモです。
文献リスト
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興味のある分野の文献リストを作っています。公開できるものから順次アップ？
犬上川関連文献リスト
滋賀県彦根市を流れる犬上川に関する文献を有志で集めはじめました。とりあえずのリストです。他の文献をご存じの方はご一報いただけるとありがたいです。
西表島の植生に関する文献リスト
西表島で調査をしている都合で、植生に関連した文献を集めています。取りこぼしもあると思いますが、とりあえず公開。
塩湿地の植生や塩生植物の種生態に関する文献リスト
勉強用に集めたり読んだりした塩湿地関係の文献リストです。塩湿地の植生の文献リストとしては不十分だとは思いますが、とりあえずアップしておきます。
Last update was 3. March. 2015
Copyright（c）2012 Masashi Yokogawa All Rights Reserved.
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