動物研究室では、現生の脊椎動物および昆虫・クモ類を除く無脊椎動物を扱っています。標本はOMNH という略称で国際的に登録され、約18万点（2023年現在）が配架されていますが、毎年数を増しています。
無脊椎動物、魚類、両生類、爬虫類は殆どがエタノール液浸標本で、鳥類、哺乳類は基本的に剥製あるいは骨格標本として保存され、調査研究や普及展示のために使われています。標本は、近畿地方のみならず、多くは日本各地で採集されたものです。採集年代は1950年代以降のものですが、20世紀前半に海外で採集されたものもあります。
標本Total 178,688点（2023年現在）