各研究室ごとの現有標本数を示しています。
リンクのついている項目では当館の保有する模式標本（分類学上基準となる重要な標本）や、その他の重要なコレクションについての情報が見られます。

■動物研究室

■昆虫研究室

■植物研究室

■地史研究室

■第四紀研究室

・当館の収蔵資料の一部はサイエンスミュージアムネットで公開されています。各標本のデータは、機関を選択して（大阪市立自然史博物館（植物以外）あるいは大阪市立自然史博物館（植物））、キーワードを入力して検索することができます。

・大阪市立自然史博物館では、資料収集方針（pdf）に基づいて資料の収集を行っています。